宗祖のお弟子たちには多くがいるが、『私聚百因縁集』（愚観著）や『浄土法門源流章』（凝念著）によれば、以下の五流があげられ、 各々が教義をたて、門流を競い合っていたとされる。
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聖光房弁長
(1162-1238)
筑後の善導寺を本所とし、その地に因んで鎮西義と呼ばれる。滅後５９０年に仁考天皇より「大紹正宗国師」の諡号を賜った。 浄土宗２祖。
出身は香月氏の系統で筑前遠賀郡、宗祖の門に入ったのは、建久８年(1197)である。幼少の頃より天台の教学を学び、 寿永２年(1183)、２２歳で比叡山の宝地房証真に就いて修学し、３０歳にて油山の学頭となった。３２歳のとき、 舎弟三明房の不幸に遭遇し、深く世の無常に驚き、このとき以来ひとえに心を西方へ寄せたと伝えられている。
建久８年(1197)、明星寺塔の本尊を迎えるために上洛し、その仏像の完成を待っている間に宗祖と法縁を結んだ。仏像が完成した後に、 一旦は鎮西に帰ったが、建久１０年(1199)再び宗祖の房に帰参し、６年間に渡り宗義を学び、『選択集』の相伝を受けた。
以来、聖光上人は新たなる使命感に燃え、随所に法を説き、寺院を開創した。伊予、中国、筑前、筑後、肥後などその行跡は各地に広がった。 そして、建保５年頃にその教化の根拠地を善導寺に置いた。
聖光上人の弟子には九州の者が多いが、主な弟子には宗円・聖護等がいた。宗円は天福元年に入宋し、 善導大師の弥陀義を求めたが得ることができなかったため、盧山に赴いて慧遠の宗風を受けた。 帰国後は浄土宗蓮社号の始まりである白蓮社と号し、聖光上人に師事した。また、聖護は檀越である草野氏の出身で、 その一生を聖光上人に常随することに専念した。
（系譜） 聖光 ┬ 良忠
├ 宗円（白蓮社）
├ 敬蓮社 ─ 宝蓮社
├ 教阿
└ 聖護
『末代念仏授手印』一巻
『浄土宗要集（西宗要）』六巻
『徹選択本願念仏集』二巻
『認知浄土論』一巻
『浄土宗名目問答』三巻
『念仏名義集』三巻
『念仏三心要集』一巻
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成覚房幸西
(1163-1248)
宗祖の門に入ったのは建久９年(1198)であり、 七箇条起請文にも署名をしている。 宗祖の生前に一念の新義をたて、宗祖の滅後も一念義をもって盛んに教化した。光明房の書によって、 宗祖にその一念義を停止されるといった事態もあった。
幸西の一念義は、天台義を利用して浄土教の特殊性を高揚したものとして注目される。、 凡夫の信心が仏智の一念に合致すれば決定往生疑いないものであり、一念の他に更に多念を必要としないというのが幸西の考えであるが、 誤解されると低劣な方向に堕落していく危険性を含んでいる。それ故、宗祖は度々訓戒を与えたが承諾はしなかった。しかし、 建永元年(1206)に一念義の行空が十戒毀犯の業を勧めた罪を興福寺に問われ、仕方なく宗祖は幸西を破門にしたという経緯がある。
一念義は先に述べたとおり誤解される面もあったが、多念相続を否定するが故に、特に在家庶民には受け入れられていたようである。
幸西の弟子は、薩生、聖達、そして時宗を開いた一遍へと続いている。
（系譜） 幸西 ┬ 薩生 ─ 聖達 ─ 一遍
│ ＊後に証空に帰す
├ 入真 ─ 傾心
├ 明信 ┌ 永信
├ 善性 ┴ 仙才
├ 勧信
└ 了智 ─ 了教
『京師和尚類聚伝』一巻
『玄義分抄』一巻
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長楽房隆寛
（1148-1227）
藤原資隆の三男に生まれ、比叡山へ登った後に、叔父皇円につき、範源法印に受法し、慈円の門弟となった。天台の学問に深く、 あわせて浄土宗を学び、元久元年には宗祖より『選択集』を付属されている。
隆寛の教義は、平素多念の念仏を集積した功によって、臨終に業成し断証して往生するというものである。 多念が強調されるため多念義と称せられる。また、居所によって長楽寺流ともいわれている。
嘉永２年に、並榎の定照の『弾選択』を『顕選択』にて論破したことから嘉禄の法難が起こり、陸奥に配流された。実際には、 隆寛は８０歳に達していたため、陸奥へは門弟の実成房が赴き、隆寛は相模国飯山に移った。弟子たちが憂慮したとおり、 隆寛はその年の１０月に入寂した。 隆寛の墓は現在、飯山の光福寺にあり、山門前には「浄土宗多念義派本山」 と刻まれた石柱が立てられている。
門弟には、智慶、敬西（信瑞）、願行、敬日等がおり、智慶は関東出身で鎌倉に長楽寺を開き、願行は鎌倉に理智寺を開いたり、 名越安養院を開創し、常州に赴いている。
（系譜） 隆寛 ┬ 智慶 ─ 隆慶 ┬ 信教 ─ 寛海 ─ 理観
├ 敬西 └ 能念 ─ 観念 ─ 本覚 ─ 観覚 ─ 覚玄
├ 願行
├ 圓満
├ 信瑞
├ 信楽
├ 了圓 ─ 如阿
└ 敬日 ─ 慈信 ─ 道圓
『顕選択』
『一念多念分別事』一巻
『具三心義』二巻
『散善義問答』若干巻
『極楽浄土宗義』二巻
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善恵房証空
(1177-1247)
証空は加賀権守親秀の長男として生まれ、久我内大臣通親の養子として育てられた。宗祖の門下となったのは建久元年(1190)であり、 宗祖入寂後は居を小坂から慈円に譲られた西山往生院（現、三鈷寺）に移り、著述、講義、教化に勤めた。また、 天台の願蓮について天台学を学んだともいわれている。
証空の教義は、宗祖の廃捨した定散の諸善が弥陀名号の功徳であり、 定散諸善を総括して弘願に帰入する弘願一行の念仏で往生を得るという考えである。その本所によって、小坂義とも西山義とも呼ばれる。 定散諸善行を否定せずに観経を重用したため、伝統的な天台浄土教の影響下にあった貴族階級へ受け入れられ、 多の門流より貴族的となっていった。それ故、専修念仏弾圧の手も証空およびその一門には及ばなかったのである。
門弟には、俊才が多いことで知られており、一番賑わった浄音（西谷流）、証恵（嵯峨流）、円空（深草流）、証入（東山流）の４流に、了音 （六角義）と示導（三鈷寺本山義）の２流を加えて、西山六流と呼ぶ。
幾多の変遷を経て、現在は、西山義の西山浄土宗（粟生野光明寺）、浄土宗西山禅林寺派（禅林寺永観堂）、そして深草義の浄土宗西山深草派 （誓願寺）の３派となっている。
（系譜） 証空 ┬ 証恵 （嵯峨流） ┬ 円道
│ └ 覚道
├ 円空 （深草流） ─ 顕意
│ 浄音 （西谷流） ┬ 観智 ─ 行観
│ └ 了音 （六角義）
├ 証入 （東山流） ┬ 覚入
│ ├ 智道
│ ├ 証仏
│ └ 観日
├ 遊観 ─ 玄観 ─ 示導（本山義）
└ 薩生 ─ 聖達 ─ 智真（一遍）
＊ 時宗を開く
『観経疏他筆抄』十四巻
『観経疏観門義』二十一巻
『観経疏大意』一巻
『往生礼讃観門義』十巻
『当麻曼荼羅註記』十巻
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覚明房長西
(1184-1266)
讃岐国西三谷に生まれ、建久３年(1192)上洛し、俗典を学んだ。建仁２年に宗祖の弟子となり、 宗祖入寂後は諸学匠について諸宗を学んだ。しばらくは、三谷に戻り浄土の教を説いていたが、再び上洛し、洛北に九品寺を開いて広く講義した。
長西の教義は、天台の教えの影響を強く受けており、 念仏本願のほかに諸行もまた本願であるため所修の業によって皆報土に生まれるという考えである。 諸行をも本願とするといった考えから諸行本願義、もしくは本所によって九品寺流とも称された。
門弟には、澄空、道教、阿弥陀、空寂等がおり、道教は関東で、空寂は甲州で教えを広め、阿弥陀は十六定善義を立てた。また、 凝然も長西から講説を受けたといわれている。
（系譜） 長西 ┬ 澄空
├ 道教 ─ 性仙 ─ 蓮証
├ 証忍 ┬ 西覚
├ 覚心 ┴ 覚阿 ─ 欣忍
├ 阿弥陀 ─ 禅心
└ 空寂
『選択集名体決』一巻
『念仏本願義』一巻
『観経疏光明抄』十八巻
『浄土依憑経論章疏目録（長西録）』
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また、これら５流の他にも多くのお弟子たちがいた。すべてを網羅することは難しいため、代表的なお弟子のみを挙げてみます。
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法蓮房信空
(1146-1228)
信空（白河門徒）は久安２年(1146)に生れ、保元２二年１１才の時叡空の室に入って剃髪し、２５才の法然上人とは法兄弟となり、 いつしか師弟の契を結び、以来上人に常随、６７才で上人と死別し、安貞２年(1228)９月に８３三才で寂した。
信空は法然上人に５６年の長きにわたって随従した最高足であったが、幸西や隆寛のように積極的な教化者でなく、かつ高齢でもあったのため、 教団の指導権は他に譲らざるを得ない状況であった。宗祖とは特別の関係があったため、 信空をもり立てようとする動きが信空派の弟子の間におこってはいるが、その勢力は第三者をして注目さすほどのものまでには至らなかった。 信空は生涯を宗祖への奉仕に尽した人であった。
（系譜） 信空 ┬ 明禅
└ 信瑞
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勢観房源智
(1183-1238)
出自については諸説あるが、平師盛の子であるという説が有力である。源智（紫野門徒） はその出自を常に秘匿していたところからも想像できるところであり、最初は九条兼実の計らいで、天台座主慈円のもとに預けられた。しかし、 １年もしないうちに政変により九条兼実は失脚し、慈円は天台座主の座を追われることとなったため、宗祖のもとへ帰すこととなった。以来、 源智は正治２年(1200)に感西が寂するまで感西のもとで学び、以後は宗祖の秘書的な役割を務めながら教学を学んだ。
それ故に、教義の弘通などには消極的であったと考えられていたが、 昭和４９年(1974)に滋賀県信楽町の玉桂寺(真言宗)より発見された阿弥陀像とその体内に修められていた源智書の「敬白書 （阿弥陀像造立願文）」と「結縁交名録」により、その評価は一変した。
建暦２年(1212)に奉納されたこの阿弥陀像の願文の内容は、 海よりも深く山よりも高い宗祖の恩徳に対する感謝と同時に収めた数万人の姓名もまた宗祖の導きを受けられるよう願う、といったものである。 「結縁交名録」には、源平の名だたる武士たちや、名のみの者たちなど、近畿から中国、東海、北陸、越中、東北、蝦夷にまで及んでいる。 源智ひとりではなく、源智の呼びかけで多くの者たちが動いたのであろうと思われるが、これだけの機動力を教団が持っていたことは驚きであり、 それを動かした源智の指導力もあったということは驚くべきことである。
（系譜） 源智 ─ 蓮寂 ─ 道意
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真観房感西
(1153-1200)
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禅勝房
(1174-1258)
湛空
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親鸞
親鸞のお弟子たちは１０数名いたが、なかでも顕智より続く門派は、安土・桃山時代の蓮如（本願寺中興）、実如、教如の時代へと続く。
（系譜） 親鸞 ┬ 顕智 ─ 如信 ─ 覚如 ─ 慈俊 ─ 善如 ─ 綽如 ─ 巧如
├ 如覚
└ 源海