三高院は，深谷城主だった松平源七郎康直の菩提寺である。
松平源七郎康直は徳川家康の関東入国後の、初代深谷城主であり、１８松平のうち長沢松平の出で、その母は家康の妹である。 徳川家康の甥にあたる康直は，家康の江戸入りの後，豊臣秀吉の北条攻め（岩槻城攻め）のときの功績により， 深谷城主となり１万石を家康から与えられた。しかし，２年後の文禄２年（１５９３），康直は２５歳で若くしてこの世を去った。
墓は本堂横にある宝篋印塔が彼の墓であり、「三高院文書」と共に深谷市の文化財に指定されている。
本尊阿弥陀如来は、康直の息女、連姫（長寿院）が、寄進したものであり、連姫は父の死後、 家康の養女となり化粧料７千石を授かり筑後國の有馬玄蕃頭豊氏に嫁いだ。また、康直の母、矢田姫は家康の妹であったが、 長沢松平家が断絶するのを憂い、家康の七男松千代に深谷城を継がせたが、８歳で没したため、 家康の六男忠輝が１０代目として相続しました。
このように、長沢松平家と徳川家とは深い関係をもっていたのである。
三高院の創建は、文禄３（１５９４）年頃であり、徳川家康の妹矢田姫の嫡子松平源七郎康直を開基とし、 広蓮社天誉立光上人を開山としている。三高院縁起（文書）によれば、１７００年頃に堂宇を焼失、 第９世覚蓮社成誉円我上人の代にて再建するも、寛政年間に再度焼失したとされている。長らく古家を買い求め仮堂としていたが、文久２ （１８６３）年、第２５世念蓮社得誉覚龍上人の代に、檀家の人々はもちろんのこと、中山道を往来する旅人、また寺社奉行の許しを得たうえで、 御府内の武家方や十か国の人々たちの喜捨により再建された。
その後、幾多の改修・移設等を経て、現在の本堂及び庫裡は第２９世愍誉晃俊上人の代にて再建・落慶されたものである。
『三高院縁起』より抜粋